plany podziału lub likwidacji diecezji warszawskiej), a także niepewna sytuacja polityczna sprawiły, że za panowania pruskiego Gołaszewski nie został konsekrowany na biskupa

W 1807 po pokoju tylżyckim większość diecezji znalazła się w Księstwie Warszawskim. Z diecezji wydzielone zostały ziemie obwodu białostockiego, przyłączonego do Rosji, obejmujące w całości lub częściowo dekanaty: Białystok, Bielsk, Brańsk, Drohiczyn, Knyszyn i Sokółka (53 parafie, 6 filii i 5 klasztorów). Liczba wiernych diecezji zmniejszyła się o ponad 130 tys. Nowe granice przetrwały do końca istnienia diecezji.

5 marca 1809 Jan Klemens Gołaszewski otrzymał sakrę biskupią w katedrze św. Jana Chrzciciela w Warszawie z rąk metropolity gnieźnieńskiego Ignacego Raczyńskiego, któremu asystowali ordynariusz smoleński i administrator diecezji poznańskiej Tymoteusz Gorzeński oraz biskup tytularny Cinny Antonin Malinowski.

Po kongresie wiedeńskim w 1815 diecezja znalazła się w granicach Królestwa Kongresowego.