W 2015 roku otrzymał przyznawany przez ministra kultury i dziedzictwa narodowego srebrny Medal „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
Był nominowany do nagrody Totus (edycja 2008) w kategorii „Osiągnięcia w dziedzinie kultury chrześcijańskiej”. W 2022 roku za książkę Auschwitz. Monografia Człowieka był nominowany do Nagrody im. Jana Długosza oraz do Nagrody Historycznej im. Kazimierza Moczarskiego a został nagrodzony w pierwszej edycji konkursu Muzealnej Książki Roku Narodowego Instytutu Muzealnictwa i Ochrony Zbiorów, w kategorii książek naukowych. W 2024 dostał Nagrodę im. św. Grzegorza Peradze Studium Europy Wschodniej Uniwersytetu Warszawskiego. W 2025 otrzymał Nagrodę Tygodnika Powszechnego "Bonus" w kategorii Działalność społeczna. Była to pierwsza edycja nagrody ustanowionej w 80. rocznicę powstania Tygodnika.
Zagraniczne W 2012 otrzymał Krzyż Kawalerski belgijskiego Orderu Korony, w 2013 – Krzyż Kawalerski monakijskiego Orderu Świętego Karola, a w 2014 Krzyż Oficerski greckiego Orderu Feniksa. W 2015 otrzymał Krzyż Kawalerski francuskiego Orderu Palm Akademickich. W 2019 otrzymał insygnia Kawalera Legii Honorowej.