Został wywieziony na Majdanek, nadal przekonany, że żyje z wyrokiem śmierci. W obozie organizował życie religijne wśród więźniów. Po zachorowaniu na tyfus plamisty, został uratowany przez szkolnego kolegę – lekarza obozowego, który z narażeniem własnego życia podał, że jest on chory jedynie na zapalenie płuc (to uchroniło go przed komorą gazową). Po powrocie do zdrowia pracował w aptece obozowej, co pozwoliło mu na kontakt z chorymi i umierającymi więźniami. Poprzez przyjaciół nawiązał tajne kontakty z Delegaturą Rządu, Polskim Czerwonym Krzyżem i Radą Główną Opiekuńczą. Dzięki temu, po przekupieniu SS-manów, współorganizował akcję dostawy lekarstw i szczepionek oraz szczepienia przeciw tyfusowi na Majdanku. Nawiązał też kontakt konspiracyjny z księżmi w Lublinie, od których – przez robotników przychodzących z zewnątrz – otrzymywał do obozu konsekrowane hostie. Nie mając możliwości odprawiania mszy św. w obozie, roznosił komunię św., chodząc wśród więźniów z lekarstwami. Pod pseudonimami „Żmigród” i „Kalew” należał do tajnej organizacji pogotowia wojskowego na Majdanku.