Podczas pożaru zniszczono dokumenty, w wyniku czego niemożliwe stało się pełne odtworzenie historii Podgórza przed 1811. W 1815 roku Podgórz wrócił pod panowanie Prus. W latach 1815–1819 Wilhelm Stettner sprawował funkcję komisarza tzw. nowych terenów (tj. Podgórza oraz: Piasków, Radziejowa, Silna, Grabowca, Kopanina, regionu dybowskiego, ostrowąskiego i ciechanowskiego), podległych władzom Torunia. W praktyce, ze względu na podeszły wiek Stettnera, terenami zarządzał kierownik biura policji Gottlieb Mellien. W 1828 roku w Podgórzu żyło 583 mieszkańców. W wyniku epidemii cholery liczba mieszkańców spadła do 533 w 1831 roku. Pierwszy przypadek zachorowania zanotowano 20 lipca 1831 roku. Cztery dni później choroba rozprzestrzeniła się z Podgórza do Torunia.
W 1832 roku w Prusach uchwalono nową ustawę o ustroju miasta. W wyniku przeprowadzonej ankiety mieszkańcy Podgórza opowiedzieli się za zrzeczeniem się praw miejskich, gdyż status miasta nakładał większe obowiązki podatkowe. Formalnie Podgórz utracił prawa miejsce rok później.