Lee i Worthy na tej samej matrycy danych, co Xu i in., przeprowadzili kolejne analizy filogenetyczne, opierające się z kolei na metodzie największego prawdopodobieństwa i wnioskowania bayesowskiego. Archaeopteryx i Wellnhoferia zajmują w nich pozycję wewnątrz Avialae, a nie Deinonychosauria, natomiast Xiaotingia i Anchiornis tworzą klad u podstawy drzewa filogenetycznego Troodontidae – również ta pozycja jest jednak słabo wspierana. Podobny wynik przyniosła również oparta na innej macierzy danych analiza Turnera i in. (2012).
Według analizy Agnolína i Novasa (2013) Anchiornis nie należał do Troodontidae, lecz był taksonem siostrzanym do rodzaju Xiaotingia, razem z którym tworzył klad siostrzany do ptaków (tj. najmniejszego kladu obejmującego rodzaj Archaeopteryx i grupę Neornithes); klad obejmujący ptaki oraz rodzaje Anchiornis i Xiaotingia jest według tej analizy blisko spokrewniony z unenlagiami i grupą Microraptoria (obejmującą m.in. mikroraptora i sinornitozaura). Również z analiz filogenetycznych przeprowadzonych przez Godefroita i współpracowników (2013) oraz Lee i współpracowników (2014) wynika, że Anchiornis był bliżej spokrewniony z ptakami niż z rodzinami Troodontidae i Dromaeosauridae;