W latach 1998–2011 był wykładowcą filozofii i wychowawcą w Wyższym Seminarium Duchownym w Płocku, afiliowanym do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie (UKSW). W tym okresie wykładał również filozofię w Punkcie Konsultacyjnym w Płocku Wydziału Teologicznego UKSW. W latach 1999–2004 pełnił w Wyższym Seminarium Duchownym w Płocku funkcję prefekta (prorektora) ds. wychowawczych, a w latach 2008–2014 był przewodniczącym Rady Społecznej przy Biskupie PłockimI. Krawczyk-Krajczyńska, Kapłan diecezji płockiej w gronie profesorów, „Gość Płocki” 7 lipca 2026 [dostęp 2026-07-10].. W latach 2012–2023 był konsultorem Rady ds. Społecznych Konferencji Episkopatu Polski.
Od 1999 r. jest związany z Instytutem Filozofii UKSW. W 2015 r. uzyskał stopień doktora habilitowanego w dziedzinie nauk humanistycznych w dyscyplinie filozofia, na podstawie dorobku naukowego i rozprawy habilitacyjnej pt. „O możliwości zbudowania etyki nihilistycznej. Propozycja Gianniego VattimaProfil Andrzeja Kobylińskiego w bazie Ludzie Nauki. [dostęp 2026-07-10]A. Kobyliński, O możliwości zbudowania etyki nihilistycznej. Propozycja Gianniego Vattima, Wydawnictwo Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego, Warszawa 2014, ss. 340.