Historia Estonii jako niepodległego państwa obejmuje lata 1918–1940 oraz okres po roku 1991. W pozostałym czasie tereny obecnej Estonii znajdowały się pod kontrolą innych europejskich (w tym historycznych) państw.

Prehistoria Osiedlenie się ludzi na terenach stanowiących dziś obszar Estonii stało się możliwe po tym, jak zniknął stamtąd lód z ostatniej epoki lodowej w okresie mezolitu 11-13 tysięcy lat temu. Najstarsza znana osada ludzka w Estonii znajduje się nad rzeką Parnawa, niedaleko wioski Puilli. Datowana jest na początek IX wieku p.n.e. Znane są także ślady wspólnot łowców i rybaków mieszkających ok. 6500 r. p.n.e. niedaleko miasta Kunda. Kości i narzędzia podobne do tych znajdowanych w Kunda odkryto również na Łotwie, północnej Litwie i południowej Finlandii.

Od neolitu zasiedlanie tych terenów było już zjawiskiem stałym, a w IV–III tysiącleciu p.n.e. dotarła tam kultura ceramiki dołkowo-grzebykowej, która była związana z plemionami ugrofińskimi, z których wyłonili się pierwsi przodkowie późniejszych Estów. Nazwę Estowie, wspomnina starożytny rzymski historyk Tacyt.