Władze uczelni thumb|Budynek rektoratu Rektor – dr Bianka Godlewska-Dzioboń Prorektor ds. studenckich i kształcenia – dr n. med. Anna Blak-Kaleta Prorektor ds. nauki i rozwoju – prof. dr hab. Grzegorz Nieć Kanclerz – mgr inż. Łukasz Fudala Dyrektor finansowy – dr Marcin Surówka Dyrektor Instytutu Medycznego – dr hab. n. med. Hubert Wolski, prof. uczelni Dyrektor Instytutu Lekarskiego – prof. dr hab. n. med. Zbigniew Doniec Dyrektor Instytutu Zdrowia – dr n. med. Danuta Fus Dyrektor Instytutu Nauk Technicznych – dr szt. Joanna Suchowiak-Horzemski Dyrektor Instytutu Nauk Humanistycznych i Turystyki – dr Małgorzata Potocka-Mitan p.o. Dyrektora Instytutu Nauk Społecznych – dr Paweł Nowakowski Dyrektor Instytutu Ekonomii, Zarządzania i Informatyki – dr Dorota Kuder Dyrektor Instytutu Finansów – dr Agnieszka Witoń
Źródło: Akademia Nauk Stosowanych w Nowym Targu.
Poczet rektorów prof. dr hab. Stanisław Hodorowicz (od 2001 do 2012); dr hab. Iwon Grys (od 2012 do 2016); ks. płk (r) dr hab. Stanisław Gulak (od września 2016 roku do marca 2020 roku) dr hab.