W latach 2018-2024 kierowała grantem NPRH Krytyczna edycja wybranych wspomnień i relacji z kolekcji sybirackiej Archiwum Naukowego Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego we Wrocławiu.
Dorobek naukowy Zainteresowania naukowe Małgorzaty Ruchniewicz związane są z historią Polski w XX wieku oraz Polaków na Kresach Wschodnich i ZSRR, historią Białorusi w XX wieku oraz dziejami Dolnego Śląska. Jest autorką lub redaktorką licznych publikacji: artykułów, monografii i edycji źródłowych, z których do najważniejszych należą. Repatriacja ludności polskiej z ZSRR w latach 1955–1959, wyd. Volumen, Warszawa 2000, . W kraju Pana Boga. Źródła i materiały do dziejów Ziemi Kłodzkiej od X do XX wieku, Kłodzkie Towarzystwo Oświatowe Kłodzko 2003, . Współautor Arno Herzig. Zrozumieć historię – kształtować przyszłość. Stosunki polsko-niemieckie w latach 1933–1949. Materiały pomocnicze do nauczania historii, M. Ruchniewicz [et al.]; pod red. Kingi Hartmann, wyd. Gajt, Wrocław–Drezno 2007, ;