W 1637 wybuchła rebelia przeciw antychrześcijańskiej polityce Iemitsu w Shimabara. Tysiące chrześcijan zostało zabitych podczas tłumienia buntu i straconych po jego zakończeniu.Screech, T. (2006). Secret Memoirs of the Shoguns: Isaac Titsingh and Japan, 1779-1822. str.85. Antychrześcijańskie prześladowania utrzymały się przez cały okres panowania sioguna Iemitsu. W 1643 z jego polecenia zginął polski zakonnik rzymskokatolicki, jezuita Wojciech Męciński.
W 1639 Iemitsu oficjalnie odizolował Japonię od reszty świata. Ograniczył handel do holenderskich kupców, z którymi prowadził interesy na sztucznej wyspie Dejima w Nagasaki i do pełnomocników z Chinami. Handel z Koreą był prowadzony przez ród Sō z Tsushimy, a z Królestwem Ryūkyū znajdował się pod kontrolą klanu Shimazu.
W 1643 cesarzowa-władczyni Meishō zrzekła się tronu. Została nastąpiona przez jej młodszego, przyrodniego brata cesarza Go-Kōmyō, który potępiał gwałtowne i barbarzyńskie metody siogunatu. Wielokrotnie krytykował Iemitsu i jego najstarszego syna i spadkobiercę, Ietsuna.