28 września 2001 parafię odwiedziła delegacja Greckiego Kościoła Prawosławnego, z metropolitą Euzebiuszem. 14 października tegoż roku, w święto Opieki Matki Bożej, odprawiono pierwszą Liturgię w dolnej cerkwi. Obecny na uroczystości metropolita Sawa dokonał poświęcenia kopuł i krzyży.
W 2002 wykonano w świątyni instalację elektryczną, pokryto dach blachą miedzianą oraz otynkowano dolną cerkiew. W 2003 kontynuowano prace w dolnej cerkwi (wstawiono okna, zainstalowano centralne ogrzewanie oraz wykonano granitowy ołtarz). Od 7 stycznia 2004, tj. od święta Bożego Narodzenia wszystkie nabożeństwa zaczęto odprawiać w nowej (dolnej) cerkwi. W 2004 umieszczono dębowy ikonostas, wykonany przez miejscowego artystę Wiaczesława Szuma (ikony napisano w Studium Ikonograficznym w Bielsku Podlaskim). W tym samym roku położono posadzkę i pomalowano ściany, zainstalowano dzwony na jednej z wież oraz wykonano i wstawiono okna do górnej cerkwi.
W dniach 12–13 listopada 2004 w obydwu siemiatyckich cerkwiach zorganizowano po raz pierwszy Przegląd Pieśni Religijnej i Paraliturgicznej (w cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego wystąpiło 7 chórów).
W latach 2005–2010 w górnej świątyni wykonano polichromie pod kierownictwem ikonografa Wiktora Downara z Mińska na Białorusi.