Bijedić zginął w tajemniczym wypadku lotniczym sześć lat później.
Po rozpadzie Jugosławii Bośnia i Hercegowina deklarowała niepodległość 1 marca 1992 roku, a jej pierwszym prezydentem został Alija Izetbegović, polityk pochodzenia boszniackiego.
W kwietniu 1992 Serbia rozpoczęła czystkę etniczną na terytorium Bośni usuwając wszystkich Boszniaków. Serbowie, a także Serbowie bośniaccy, zaatakowali Boszniaków używając starego sprzętu wojskowego Jugosławii i otoczyli stolicę kraju, Sarajewo. W 1993 Rada Bezpieczeństwa ONZ ogłosiła, że Sarajewo, Goražde, Srebrenica i inne enklawy muzułmańskie mają być obszarami bezpiecznymi, chronionymi przez kontyngent sił pokojowych ONZ. Jednak w lipcu 1995 roku Serbowie dokonali największej masakry w Europie od czasów II wojny światowej, w jednym z takich obszarów – Srebrenicy. Szacuje się, że 23 000 kobiet, dzieci i osób starszych wsadzono do autobusów i wywieziono na tereny kontrolowane przez muzułmanów, a 8000 mężczyzn zostało zatrzymanych i zamordowanych.