Doprowadziły również do zamknięcia uniwersytetu i ostatecznie do likwidacji elity kolonialnej oraz wykształcenia się nowej klasy burżuazyjnej, związanej z liberalnym rządem Haiti. Zgodnie z burżuazyjnym zwyczajem wysyłania zdolnych dzieci do szkół zagranicznych, państwo Duarte wyprawili Juana Pablo do Stanów Zjednoczonych, a następnie, w roku 1828 – do Europy.
16 lipca 1838 r. Duarte wraz ze swoimi przyjaciółmi utworzył tajne patriotyczne stowarzyszenie, zwane La Trinitaria, które brało udział w zwalczaniu haitańskiej okupacji. Do pierwszych członków stowarzyszenia należeli: Juan Pablo Duarte, Juan Isidro Pérez, Pedro Alejandro Pina, Jacinto de la Concha, Félix María Ruiz, José María Serra, Benito González, Felipe Alfau oraz Juan Nepomuceno Ravelo. Później, założyciele La Trinitarii powołali do życia nową organizację, zwaną La Filantropica. Jej działacze, z pomocą licznych ochotników przeciwnych dominacji haitańskiej, doprowadzili do proklamacji niepodległości przez Dominikanę w dniu 27 lutego 1844r (wojna o niepodległość Dominikany). Jednak już rok wcześniej, z powodu swojej działalności powstańczej, Duarte udał się na wygnanie do Caracas. Stamtąd korespondował ze swoją rodziną oraz działaczami ruchu niepodległościowego. Walki zakończyły się ocaleniem niepodległości Dominikany.