W wyniku sporów w połowie XIX wieku podzielono teren oraz wprowadzono zmiany w sposobie administrowania cmentarzem W grudniu 1852 roku gmina św. Jerzego utraciła prawo do wyłączności w zarządzaniu cmentarzem. Rok później dopuszczono do zarządzania staromiejską gminę ewangelicką. W tym samym czasie z cmentarza zaczęła korzystać również parafia Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny.
W XIX wieku cmentarz znacznie się powiększył w stosunku do planów. Nie stanowiło to kłopotu, gdyż cmentarz znajdował się na terenach o bardzo małej zabudowie i na nieużytkach. Powierzchnia cmentarza zwiększała się za sprawą darowizn Rady Miejskiej na rzecz poszczególnych gmin i parafii oraz kupna gruntów od osób prywatnych. Pod koniec XIX wieku dyskutowano nad założeniem nowego cmentarza, sąsiadującego ze starym. Z planów zrezygnowano ze względu na nieodpowiedni grunt. W następnych latach cmentarz powiększał się w kierunku północnym. 7 lipca 1890 roku uporządkowano stosunki własnościowe gruntów.
W XIX wieku cmentarz św. Jerzego uchodził za najbardziej prestiżowy spośród toruńskich cmentarzy.
Na przełomie 1901 i 1902 roku toruńscy baptyści poprosili Magistrat o przyznanie im działki. W 1903 roku otrzymali oni działkę o powierzchni 18 arów.