Qui-Gon wraz z Obi-Wanem, Jar Jarem, Padmé i Anakinem udają się na Naboo, gdzie królowa pokornie prosi o przymierze Gungan. Ci zgadzają się. W zamian za pojednanie Gungan i poddanych Amidali, Jar Jar zostaje mianowany generałem. Armia Gungańska toczy bitwę z droidami, podczas gdy mała grupa dywersyjna złożona z Jedi, królowej, kilku jej służących i Anakina wdziera się do pałacu, gdzie mają pojmać wicekróla federacji. Na drodze staje im Darth Maul, którym Qui-Gon i Obi-Wan postanawiają się zająć. Młody Anakin oddziela się od grupy, zasiada za sterami myśliwca „N-1” i niszczy stację dowodzenia droidów, co daje przewagę w bitwie, ponieważ wszystkie droidy zostają wyłączone. Wicekról zostaje pojmany, a w tym samym czasie Qui-Gon Jinn i Obi-Wan Kenobi staczają walkę na miecze świetlne z Darthem Maulem. Po chwili Kenobi zostaje oddzielony od swojego mistrza i zmuszony jest obserwować jak wróg przebija ciało Qui-Gona mieczem. Niedługo po tym młody Obi-Wan powraca do walki, jednakże Maul zrzuca go do otchłani. Kenobi traci miecz i desperacko chwyta się stromej ściany. Po chwili wyskakuje z otchłani, za pomocą Mocy chwytając w locie miecz swego mistrza i zabija przeciwnika. Konający Qui-Gon prosi Obi-Wana, aby obiecał mu, że wyszkoli Anakina na rycerza Jedi. Rada spełnia ostatnią prośbę zmarłego mistrza Jedi.