Dzielą się one na działania, które wyznaczają szczegółowe zakresy projektów, objętych dofinansowaniem unijnym.
Oś priorytetowa I: Nowoczesna gospodarka I.1. Infrastruktura uczelni I.2. Infrastruktura inżynierii finansowej (wcześniejsza nazwa: Wsparcie powstawania i dokapitalizowanie instrumentów inżynierii finansowej) I.3. Wspieranie innowacji I.4. Promocja i współpraca
Oś priorytetowa II: Infrastruktura społeczeństwa informacyjnego II.1. Sieć szerokopasmowa Polski Wschodniej
Oś priorytetowa III: Wojewódzkie ośrodki wzrostu III.1. Systemy miejskiego transportu zbiorowego III.2. Infrastruktura turystyki kongresowej i targowej
Oś priorytetowa IV: Infrastruktura transportowa IV.1 Infrastruktura drogowa
Oś priorytetowa V: Zrównoważony rozwój potencjału turystycznego opartego o warunki naturalne V.1. Promowanie zrównoważonego rozwoju turystyki V.2. Trasy rowerowe
Oś priorytetowa VI: Pomoc techniczna VI.1. Wsparcie procesu wdrażania oraz promocja programu
Oś priorytetowa I: Nowoczesna gospodarka