Po objęciu władzy przez księcia Wacława III Adama w księstwie rozpoczął się okres Reformacji, w Skoczowie nowe wyznanie przyjęli zwłaszcza starszyzna cechowa i kupcy. Wkrótce mieszczanie odebrali katolikom kościół parafialny, zostawiając im kościółek szpitalny. Antykatolickie restrykcje nasiliły się po drugim małżeństwie księcia z Sydonią Katarzyną w 1566, kiedy to katolikom odebrano również kościółek Znalezienia Krzyża Świętego. W tym czasie w mieście urodził się przyszły ksiądz i święty katolicki, Jan Sarkander. W latach 1573–1577 miasto wraz ze Strumieniem oraz sąsiadującymi wioskami zostało sprzedane Gottardowi z Łagowa (von Logau) na Starej Wsi tworząc skoczowsko-strumieńskie państwo stanowe. Nowy właściciel rozpoczął w 1591 r. przebudowę drewnianego zamku na murowany. Po jego śmierci w 1589 państwo powróciło do Księstwa Cieszyńskiego w 1594 po zakupieniu go przez księcia Adama Wacława.
Wiek XVII – kontrreformacja W 1610 r. Adam Wacław przeszedł na katolicyzm, a do Skoczowa sprowadził z Żywca ks. Wojciecha Gagatkowskiego. Jeszcze w 1652 według wizytatora biskupiego, większość mieszkańców stanowili niekatolicy, sytuacja ta odwróciła się dopiero przed 1687.
thumb|left|Rynek z zabytkowymi kamienicami i z późnobarokową figurą Jonasza zwanego Trytonem (1775) thumb|Ratusz w Skoczowie (XVIII/XIX w., przebud. XX w.)