Jako prezes BIG doprowadził do jego połączenia z Bankiem Gdańskim w 1997 tworząc BIG Bank Gdański. W następnych latach podejmował próby wzmocnienia roli banku na polskim rynku, m.in. przez utworzenie konsorcjum z holenderską spółką Eureko, które miało służyć zdobyciu udziałów w PZU. Na początku 2000 doszło do próby wrogiego przejęcia BIG Banku Gdańskiego przez Deutsche Bank, działający w porozumieniu z kierującymi wówczas spółkami z grupy PZU Władysławem Jamrożym i Grzegorzem Wieczerzakiem. Bogusław Kott miał zostać odwołany z funkcji prezesa, jednak utrzymał swoją posadę i bank przed przejęciem, wykorzystując swoje wpływy polityczne. W konsekwencji w BIG Bank Gdański zainwestował jeden z uczestników konsorcjum Eureko, portugalski Banco Comercial Portugues.
W latach 1999–2005 członek rady nadzorczej PZU S.A.KRS PZU S.A. Nr KRS 0000009831.
1 kwietnia 2005 zeznawał przed Komisją Śledczą do zbadania prawidłowości prywatyzacji Powszechnego Zakładu Ubezpieczeń Spółka Akcyjna.
24 października 2013 Bogusław Kott złożył rezygnację ze stanowiska prezesa zarządu Banku Millennium. Następnie był przewodniczącym rady nadzorczej banku.