Próby pojednania z Rzymem wzbudziły duże zaniepokojenie i kontrowersje wielu duchownych, świeckich oraz wiernych bractwa. Miał miejsce konflikt w łonie bractwa z biskupem Richardem Williamsonem, sprzeciwiającym się pojednaniu z Rzymem. Napięta sytuacja spowodowana powołaniem Bractwa Św. Piusa X Tradycyjnej Obserwancji spowodowała, że 24 października 2012 biskup Williamson został wykluczony z bractwa za nieposłuszeństwo.
1 września 2015 papież Franciszek udzielił Bractwu św. Piusa X jurysdykcji spowiedzi na czas trwania Roku Miłosierdzia – od 8 grudnia 2015 do 20 listopada 2016. W ostatnim akapicie listu datowanego na dzień 1 września 2015 i skierowanego do abp. Rina Fisichelli, przewodniczącego Papieskiej Rady ds. Nowej Ewangelizacji, papież napisał: (…) rozporządzam i postanawiam, że osoby, które w Roku Świętym Miłosierdzia przystąpią do sakramentu pojednania u kapłanów z Bractwa Św. Piusa X, otrzymają ważne i zgodne z prawem rozgrzeszenie. 2 lipca 2016 w paryskim kościele pw. św. Mikołaja bp Alfonso de Galarreta udzielił święceń kapłańskich diakonowi Abadowi Saburowi, który rozpocznie posługę dla wiernych rytu chaldejskiego. Podczas kazania bp de Galarreta powiedział, że tegoroczne święcenia odbyły się za zgodą Watykanu: Mam tu ze sobą pismo, które przekazał mi ks.