Jednak wzrost wpływów sanacyjnych i piłsudczykowskich wśród kadry kierowniczej ZWZ, utworzenie przez konkurencyjne stronnictwa polityczne własnych organizacji i umacnianie się w terenie Narodowej Organizacji Wojskowej oraz Gwardii Ludowej WRN, spowodował zmianę stanowiska Centralnego Kierownictwa Ruchu Ludowego w kwestii sformowania własnej organizacji wojskowej. Podjęcie przez ludowców w 1940 r. decyzji o utworzeniu odrębnej, samodzielnej organizacji wojskowej spotkało się z poparciem środowiska chłopskiego i było wyrazem emancypacyjnych dążeń polskich chłopów. Bataliony Chłopskie powstały wbrew ZWZ i zapewnić miały chłopom decydujący wpływ na charakter podziemia oraz stworzyć szansę decydowania bądź też współdecydowania o społeczno-ustrojowym kształcie przyszłego państwaKazimierz Przybysz, Chłopi polscy wobec okupacji hitlerowskiej 1939-1945, Warszawa 1983, s. 259..