Z powodu braku środków udało się rozpoczęcie przebudowy stacji na prawym brzegu Wisły, przebudowa mostu koło cytadeli oraz wytyczenie i usypanie wałów na drugi tor linii obwodowej. Dalsze prace zostały zatrzymane przez nagły sprzeciw władz miasta co do przebiegu linii.
Do koncepcji powrócono w 1912 r., po tym jak rząd rosyjski wykupił Kolej Warszawsko-Wiedeńską i zdecydował dokończyć projekt, uzupełniając go o wybudowanie południowej obwodnicy ze stacją towarowo-osobową Mokotów. Projekt w 1913 r. zatwierdziły władze, jednak wybuch I wojny światowej przerwał wszelkie prace. Pod niemiecką okupacją działała od 1915 do 1919 r. komisja, która opracowała nowy projekt przebudowy z tunelem i czterotorowym mostem przez Wisłę. W lipcu 1919 Sejm podjął uchwałę o budowie linii średnicowej, w skład której miał wejść most średnicowy na Wiśle, cztery tory oraz tunel.
W trakcie prac nad projektem doszło do sporu z miastem, które opowiadało się – ze względu na przecięcie z planowaną linią metra oraz siecią wodociągową i kanalizacyjną – za głębszym tunelem;