KPK nie są sądami, więc nie wydają wyroków. tylko za pomocą mediacji starają się doprowadzić do znalezienia polubownego rozwiązania problemu. KPK powinny zachowywać bezstronność w prowadzonych postępowaniach i mieć na celu doprowadzenie do zawarcia porozumienia przez strony oraz wypracowanie nowych, lepszych rozwiązań na przyszłość. Z uwagi na to, że w poszczególnych państwach wdrażających Wytyczne istnieją różne procedury, postępowania po wpłynięciu zawiadomienia kierują się trzema ogólnymi zasadami: oceną wstępną (z decyzją, czy sprawa została przyjęta) wsparciem stron (poprzez dialog, mediację, usługi rozjemcze) zamknięciem procedury (z oświadczeniem końcowym, podsumowaniem działań KPK oraz wynikiem sprawy) W ramach swojej procedury KPK może konsultować się z Krajowym Punktem Kontaktowym z państwa, którego dana kwestia także dotyczy. W przypadku, gdy strony nie osiągną porozumienia co do podnoszonych kwestii, KPK wydaje oświadczenie i jeżeli jest to właściwe formułuje rekomendacje w sprawie wykonywania zaleceń Wytycznych.