Historia Najwcześniejsze dzieje Osada Wapene jest po raz pierwszy wymieniana w dokumencie księcia Barnima I z 1184, położona była na wyspie połączonej ze stałym lądem groblą. Lokacja Nowego Warpna najprawdopodobniej miała miejsce w 1295. Odbyła się na zasadzie translokacji z terenów dzisiejszego Podgrodzia, gdzie znajdował się wspomniany gród słowiański. Miasteczko znalazło się w granicach księstwa pomorskiego, aż do 1648, kiedy to pokój w Osnabrück po wojnie trzydziestoletniej przyznał tereny te Szwecji, która panowała nad Nowym Warpnem do 1720.
Okres szwedzki thumb|left|Ratusz w Nowym Warpnie Szwedzi dążyli do szybkiego ufortyfikowania leżącego na wyspie miasta. W 1678 fortyfikator Christian Kanxdorff przedstawił projekt nowej twierdzy. Fortyfikacje miały łączyć trzy wyspy. Obecny półwysep, na którym dziś znajduje się centrum miasta, dawniej nie był połączony z lądem stałym. Plany wybudowania wielkiej twierdzy zrealizowano tylko częściowo. W 1692 główna część Nowego Warpna spłonęła w wielkim pożarze. Zniszczony został m.in. ratusz i kościół. Świątynię odbudowano, zaś na miejscu starego ratusza wzniesiono nowy, ryglowy budynek w 1697. Po wielkim pożarze mieszkańcy przenieśli się w większości do Altwarp, jednak po odbudowie powrócili i miasto liczyło w XVIII wieku ok. 1,3 tys.