Następnie wychowanek Independiente został sprzedany do Atalanty BC, która nabyła połowę praw do jego karty. W barwach "Nerazzurrich" ligowy debiut zaliczył 10 września 2006 podczas wygranego 3:1 pojedynku z Ascoli. 15 października Tissone strzelił decydującego gola w zwycięskim 3:2 wyjazdowym spotkaniu z US Palermo i było to jego pierwsze trafienie w Serie A. Argentyńczyk pozostał w Bergamo również na sezon 2007/2008, podczas którego również miał zapewnione miejsce w podstawowym składzie. Łącznie przez dwa lata gry dla Atalanty Tissone rozegrał 68 ligowych meczów i zdobył sześć bramek.
Latem 2008 Udinese Calcio za cztery miliony euro odkupiło od Atalanty połowę praw do karty argentyńskiego pomocnika. Tissone wystąpił w czterech wrześniowych pojedynkach Serie A, a kolejny ligowy występ zaliczył dopiero 11 stycznia 2009. 22 lipca 2009 Tissone na zasadzie współwłasności trafił do Sampdorii.
31 sierpnia 2011 piłkarz przeniósł się do klubu RCD Mallorca. Suma transferu wynosiła 4 mln euro.
18 sierpnia 2017 jako wolny agent zasilił skład Karpat Lwów. 16 stycznia 2018 odszedł do Desportivo AvesОфіційно. Фернандо Тіссоне - гравець Авеша – UA-Футбол. Po zaledwie półrocznym pobycie zmienił klub na CD Nacional.