W 2008 roku Kingston wystąpiła w roli River Song w brytyjskim serialu science-fiction Doktor Who w odcinkach Cisza w bibliotece i Las zmarłych, które razem tworzą spójną historię. W 2010 roku ponownie wystąpiła w serialu i od tego czasu pojawiała się w różnych odcinkach do roku 2013. W 2015 roku ponownie wcieliła się w rolę River w specjalnym odcinku świątecznym pt. The Husbands of River Song. Łącznie Kingston wystąpiła w 15 odcinkach Doktora Who.
Życie prywatne Alex Kingston jest najstarszą z trzech córek Brytyjczyka, Anthony’ego Kingstona oraz jego niemieckiej żony Margarethe (z domu Renneisen).
Praprapraprababcia Kingston od strony ojca była Żydówką, a jej pradziadek, William Keevil zginął podczas I wojny światowej na froncie zachodnim, osierocając 4-letnią babcię Kingston. Jej wujek od strony matki, Walter Renneisen jest niemieckim aktorem.
W latach 1993–1997 była żoną aktora Ralpha Fiennesa. Od 1998 była żoną Floriana Haertela, w 2001 roku urodziła im się córka, Salome Violetta Haertel. Kingston i Haertel przeszli separację w 2010 roku. W 2015 poślubiła producenta telewizyjnego Jonathana Stampa.