Światopogląd Rodzice Franklina pochodzili z protestanckich rodzin. Sam Benjamin został wychowany w duchu prezbiteriańskim, choć rzadko uczęszczał na nabożeństwa. Wierzył w Boga, lecz już w wieku piętnastu lat zaczął powątpiewać w Objawienie. Lektura książek Roberta Boyle’a, wydanych w obronie chrześcijaństwa i skierowana przeciwko deistom i ateistom, sprawiła, że Franklin zaczął określać siebie samego jako „całkowitego deistę”. W dorosłym życiu także nie uczestniczył w mszach, choć kazania uważał za pożyteczne, sam wyrażał głębokie poszanowanie dla każdej religii. Przekazywał datki na wspólnotę prezbiteriańską w mieście.
W swoich wspomnieniach opisał, że każdego ranka odmawiał modlitwę Wszechmocna Dobroci własnego autorstwa:
Franklin ułożył także własny system wartości, oparty na tzw. Trzynastu Cnotach:
Umiar – nie jedz do otępienia, nie pij do podniecenia Milczenie – mów tylko to, co może przynieść pożytek innym lub tobie; unikaj próżnej rozmowy Ład – niech wszystkie twoje rzeczy mają swoje miejsce; niech wszystkie twoje sprawy mają swój czas Postanowienie – postanów sobie czynić, co powinieneś;