Za panowania Michała miało miejsce wielkie powstanie pod wodzą Tomasza Słowianina, który czasem uważany jest nawet za cesarskiego brata. Miało ono miejsce w latach 822–824. Uzurpator uzyskał poparcie Arabów i temów Azji Mniejszej. Tylko temy Opsikon i Anatolikon poparły Michała. Przygotowania do tego powstania trwały jeszcze za poprzedniego cesarza. Tomasz postawił sobie dwa cele: zakończyć ucisk i nędze ludu i odnowić kult obrazów. Powstanie to wyglądało jak powstanie Spartakusa. Niewolnicy i ludność niezadowolona z rządów Michała zbiegła do Tomasza. Było to spowodowane wysokimi podatkami i samowolą urzędników. Tomasz zebrał ogromną armię złożoną z Arabów, Iberów, Armeńczyków i innych ludów kaukaskich. Patriarcha Antiochii Job koronował Tomasza na cesarza. Wtedy to uzurpatora poparł tem nadmorski Kibyration. Tomasz dostał wtedy flotę i popłynął z Azji do Grecji. Głosząc tam hasła antyikonoklastyczne, zyskał poparcie wszystkich europejskich prowincji cesarstwa. Poszły za nim masy Słowian osiadłych w Grecji. W grudniu 821 roku przystąpił do oblężenia stolicy. Nie udało mu się jednak jej zdobyć, bowiem Michałowi pomagali Bułgarzy. Tomasz ostatecznie skapitulował w Arkadiopolis i po torturach został zabity. Powstanie trwające trzy lata zniszczyło całe cesarstwo, głównie wsie w Azji Mniejszej.