Po zmniejszeniu obszaru getta Jakub Gutenbaum wraz z rodziną przeniósł się do mieszkania stryja na rogu ulic Zamenhofa i Niskiej. Podczas wielkiej akcji deportacyjnej w lecie 1942 ukrywał się na strychu kamienicy, w której mieszkał, a następnie przy ul. Zamenhofa 24 w pokoju, którego drzwi były zamaskowane ciężkim kredensem. W tym czasie wywiezieni zostali i zamordowani w Treblince członkowie jego najbliższej rodziny: cztery ciotki - dwie siostry matki z rodzinami oraz dwie siostry ojca i stryj z rodzinami. Po zakończeniu akcji stał się jedynym żywicielem rodziny. Sprzedawał papierosy w bramie domu przy ul. Muranowskiej 44. Kolejną akcję wysiedleńczą w styczniu 1943 przeżył również w kryjówce przy ul. Zamenhofa. W tym okresie utrzymywał kontakt z syjonistyczną grupą ruchu oporu, Akibą, której przywódcą był Lutek Rotblat. Pomagał mu w przeprowadzeniu udanego zamachu na agenta Gestapo Alfreda Nossiga.