Fluorochinolony drugiej generacji stosowane są głównie w zakażeniach bakteriami Gram-ujemymi, działają też na patogeny atypowe (Chlamydia, Mycoplasma i Legionella). Wskazania do stosowania to głównie zakażenia powodowane przez Salmonella, Shigella, Legionella oraz Campylobacter a także zakażenia układu moczowego przez Pseudomonas aeruginosa i układu oddechowego u chorych na mukowiscydozę. Wrażliwe są również prątki Mycobacterium tuberculosis odpowiedzialne za wywoływanie gruźlicy. Paciorkowce i gronkowce są zwykle oporne.
Fluorochinolony trzeciej generacji cechują się wyższą aktywnością wobec bakterii Gram-dodatnich, głównie gronkowców i paciorkowców, lecz mają mniejszą aktywność wobec bakterii Gram-ujemnych. Działają na patogeny atypowe silniej niż fluorochinolony drugiej generacji.
Chinolony czwartej generacji są aktywne głównie wobec bakterii beztlenowych i Gram-dodatnich oraz atypowych patogenów oddechowych.