Życie Droga do władzy Jego pochodzenie nie jest znane. Niketas Choniates z niewiadomych powodów nie podaje żadnych informacji na temat jego związków rodzinnych. Występujące w źródłach imię rodowe Dukas może wskazywać zarówno na pochodzenie z cesarskiego rodu Dukasów, jak i z bocznej linii rodu Angelosów, władających w XIII wieku Epirem i Tesalią, których często dla odróżnienia od linii cesarskiej określa się jako Dukasów. Przydomek „Murzuflos”, jak się przypuszcza, odnosi się do jego krzaczastych brwi, zrośniętych na czole (prawd. od gr. ὁμουφρυσιλος, homouphrysilos)

Data urodzenia Aleksego Dukasa nie jest również znana. Wiadomo, że za udział w buncie Jana Komnena został uwięziony przez cesarza Aleksego III w 1201 roku. Odzyskał wolność w dwa lata później, latem 1203 roku, po ucieczce Aleksego III i objęciu władzy przez Izaaka II i jego syna Aleksego IV. W krótkim czasie stanął na czele stronnictwa wojennego, wrogiego wszelkim kontaktom młodego cesarza Aleksego IV ze stacjonującymi pod Konstantynopolem wojskami krzyżowców. Rosnące niezadowolenie ludności i nacisk ze strony duchowieństwa prawosławnego skłoniły Aleksego IV do zbliżenia ze stronnictwem wojennym.