Geologia Ruda Woda jest jednym z jezior rynnowych, które powstały w Europie Środkowej podczas końcowej fazy ostatniego zlodowacenia, około 14,000-12,000 lat temuPiotr Zawadzki, The impact of the glacier on the evolution of terrain in the Polish region of Warmia and Masuria, Analele Universităţiidin Oradea, Seria Geografie, Year XXII, no. 1/2012. Rzeki płynące pod cofającym się lodowcem żłobiły głębokie kanały w miękkim podłożu, zwane rynnami polodowcowymi (subglacjalnymi). Wraz z ocieplającym się klimatem, wypełniające rynny bryły lodu topiły się, pozostawiając po sobie długie, wąskie i stosunkowo głębokie jeziora. Łańcuch jezior obejmujący jeziora Sambód, Ruda Woda, Ilińsk i Drwęckie odzwierciedla przebieg lokalnej rynny polodowcowej. Topniejący lodowiec osadził również warstwy gliny, piasku i żwiru oraz utworzył ciągi wzgórz morenowych, które spotkać można w południowej części jeziora.