W skład ministerstwa przed wydzieleniem z niego resortu klimatu wchodził Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące jednostki organizacyjne.: Departament Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego Departament Edukacji Ekologicznej i Komunikacji Departament Geologii i Koncesji Geologicznych Departament Leśnictwa i Łowiectwa Departament Nadzoru Geologicznego Departament Ochrony Przyrody Departament Ochrony Złóż i Polityki Surowcowej RP Departament Prawny Departament Strategii, Funduszy i Zarządzania Projektami Departament Współpracy Międzynarodowej Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Ekonomiczno-Administracyjne Biuro Kontroli i Audytu Wewnętrznego Biuro Ministra.
Organy podległe ministrowi lub przez niego nadzorowane: Generalny Dyrektor Ochrony Środowiska Główny Inspektor Ochrony Środowiska Prezes Państwowej Agencji Atomistyki