Kryzys początku lat 90. XX wieku oraz zmiany strukturalne zmieniły charakter gospodarczy miasta, które w 1995 roku miało najwyższą stopę bezrobocia w Szwecji. Malmö zaczęło się wówczas przekształcać z miasta przemysłowego w ośrodek nowoczesnych technologii. Obecnie działa tam wiele instytucji badawczych, mocno rozwinięta jest branża handlowo-usługowa, stawia się na rozwój szkolnictwa wyższego.
Do znaczącego ożywienia gospodarki całego regionu Skania przyczyniło się otwarcie 1 lipca 2000 roku mostu nad cieśniną Öresund. Ułatwiło to komunikację z Kopenhagą, gdzie zatrudnienie znalazło wielu mieszkańców Malmö. Wielu Duńczyków podróżuje na stronę szwedzką m.in. na zakupy w działających w Malmö i jego okolicach licznych centrach handlowych.
Transport thumb|Most nad cieśniną Öresund thumb|Yttre Ringvägen; część infrastruktury komunikacyjnej Malmö Malmö jest ważnym węzłem komunikacyjnym południowej Skandynawii, leżącym na skrzyżowaniu drogowych, kolejowych i morskich szlaków transportowych. Zbiega się tam kilka dróg o statusie tras europejskich. Malmö jest także znaczącym węzłem kolejowym i morskim portem handlowym.