Maradona poprowadził drużynę narodową do zwycięstwa w mistrzostwach świata w 1986 w Meksyku. W meczu finałowym Argentyna pokonała reprezentację RFN 3:2. W ćwierćfinałowym meczu z Anglią Maradona zdobył dwie bramki. Jedną z nich strzelił ręką, natomiast drugą po rajdzie przez niemal całe boisko i minięciu sześciu angielskich zawodników. Tłumacząc się z pierwszej bramki, stwierdził, że pomogła mu ręka Boga. Dopiero po 19 latach w jednym z udzielanych wywiadów przyznał, że gola zdobył niezgodnie z przepisami, a 22 lata później przeprosił za ten incydent.
Podczas mistrzostw świata w 1990 we Włoszech Maradona był kapitanem swojej reprezentacji. Z jego udziałem Argentyna dotarła do finału, pokonując po drodze m.in. Brazylię, Jugosławię i Włochy. Finałowy mecz z RFN zakończył się porażką 0:1, po golu zdobytym z rzutu karnego w ostatnich minutach spotkania przez Andreasa Brehmego.
W marcu 1991 podczas testu antydopingowego wykryto w organizmie zawodnika niedozwolone środki. Został zdyskwalifikowany przez FIFA na 15 miesięcy.
Mistrzostwa świata w Stanach Zjednoczonych w 1994, mimo świetnych meczów m.in. z Grecją, gdzie strzelił bramkę, były końcem reprezentacyjnej kariery Maradony.