Grievous przyłączył się w tym momencie do ruchu separatystycznego. Jego umiejętności dowódcy pozwoliły mu szybko zostać ważną personą wśród separatystów, a jego awans został przyśpieszony, ponieważ gorąco polecał go lider Galaktycznego Klanu Bankowego San Hill. Specjalnie dla niego rozpoczęto też produkcję droidów bojowych IG-100 MagnaGuard.
Po jakimś czasie Grievous dowiedział się o misji pokojowej. Było to jednak niezgodne z planami jego mentorów. Zaaranżowali oni katastrofę statku kosmicznego Grievousa, a jego samego, niemal śmiertelnie rannego (podczas transportu na miejsce operacji potrzebował transfuzji – do tego celu posłużyła krew zamordowanego mistrza Jedi – Sifo-Dyasa), przekonstruowali w cyborga i poddali operacji mózgu, dostosowując jego pragnienia do własnych celów, między innymi wpajając przekonanie, że za wszystkie jego nieszczęścia są odpowiedzialni Jedi. Grievousowi pozostał ograniczony mózg oraz część narządów wewnętrznych (płuca, serce oraz oczy) – reszta od tej pory była już mechaniczna.