Wyruszył także przeciw swoim przeciwnikom do Zeitz. Tam zabił Vicelina von Profen wraz z siedemnastoma jego zwolennikami. Natomiast Hageno von Tubichin schronił się w kościele św. Jakuba w Zeitz. Wiprecht z Grójca rozkazał podpalić świątynię. Po ujęciu przeciwnika polecił go oślepić. Jako pokutę za zbrodnie Wiprecht z Grójca wyruszył w 1090 na pielgrzymkę do Rzymu i Santiago de Compostela, a w 1091 założył koło Pegau klasztor benedyktynów św. Jakuba, który został poświęcony w 1096. Klasztor rozpoczął akcję kolonizacyjną nad Muldą. Pierwszych osadników Wiprecht sprowadził z Frankonii.
W 1106 Wiprecht poparł zbrojnie króla Henryka V przeciw jego ojcu cesarzowi Henrykowi IV.
Po śmierci żony Judyty (zmarłej w 1108) Wiprecht w 1110 ożenił się z Kunegundą, córką margrabiego miśnieńskiego Ottona i wdową po hrabim Kuno von Beichlingen. Równocześnie jego syn Wiprecht III ożenił się z Kunegundą, córką drugiej żony swojego ojca.
W tym samym roku Wiprecht III usiłował osadzić na czeskim tronie swojego wuja Borzywoja II. Popadł wówczas w niełaskę króla Henryka V i wraz z Borzywojem II został uwięziony na zamku Hammerstein nad Renem. Wiprecht II wykupił syna z niewoli w zamian za ziemię Nysan, Budziszyn, dobra Leisnig i Morungen.