Część majątku przejęli wtedy Sapiehowie, a w roku 1580, na mocy testamentu Pawła Sapiehy – przejęli tę część Sanguszkowie.
Około 1600 r. za 30 tys. groszy nabył Zabłudów hetman polny i wojewoda wileński Krzysztof Radziwiłł „Piorun”, po którym przejął te dobra jego syn Krzysztof II Radziwiłł. Ufundował on w Zabłudowie i uposażył zbór kalwiński, który wzniesiono między rynkiem a stawem dworskim (zbór ten istniał do około 1860 r.). Obok zboru wzniesiono plebanię, szpital i szkołę. Po 1622 miasto zostało otoczone wałami obronnymi, o czym wspomina ordynacja Janusza Radziwiłła z 1635. Wkrótce nastąpił rozkwit ruchu reformatorskiego. Zabudowania dworskie znajdowały się po przeciwnej niż miasto stronie rzeki Rudnie i prowadziła do niego grobla. W 1638 wydano Żydom zgodę na budowę w mieście bożnicy. Przed 1655 przy cerkwi Zaśnięcia Matki Bożej powstał monaster pod tym samym wezwaniem, fundacja Janusza i Marii RadziwiłłówH. Surynowicz, Życie monastyczne na Grodzieńszczyźnie w XIX wieku, [w:] .