Kości proksymalne kończyny dolnej i skrzydła są nieproporcjonalnie długie, natomiast elementy dystalne – nieproporcjonalnie krótkie.
Mięśnie piersiowe kakapo także uległy modyfikacji w związku z utratą zdolności do lotu. Mięsień piersiowy (musculus pectoralis), odpowiadający za opuszczanie skrzydła i położony ponad nim mięsień nadkruczy (musculus supracoracoideus), odpowiedzialny za unoszenie skrzydła, zostały znacznie zredukowane.
Genetyka