Prowadził również spektakle w teatrach operowych (Warszawa, Łódź, Poznań, Bilbao, Leeds).
Dokonał szeregu nagrań radiowych, telewizyjnych i płytowych w kraju i za granicą. Jego repertuar obejmuje utwory od średniowiecza do współczesności.
Nagrody Tomasz Bugaj jest laureatem szeregu nagród uzyskanych na międzynarodowych konkursach dyrygenckich: 1976 – nagroda specjalna na Konkursie Dyrygenckim im. Marinuzziego w San Remo; 1978 – I nagroda na Konkursie Dyrygenckim w Bristolu (Wielka Brytania); 1994 – Premio de la Critica na Konkursie Dyrygenckim w Chile.
Działalność pedagogiczna Oprócz działalności dyrygenckiej, Tomasz Bugaj zajmuje się pedagogiką muzyczną. Od 1997 roku prowadzi klasę dyrygentury symfoniczno-operowej w Akademii Muzycznej w Krakowie, gdzie w latach 2000–2005 pełnił funkcję kierownika Katedry Dyrygentury, oraz na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie, gdzie pełni funkcję kierownika Katedry Dyrygentury.
Bibliografia Adam Neuer, Bugaj Tomasz (biogram), w: Encyklopedia Muzyczna PWM, część biograficzna, red. E. Dziębowska, suplement ab, PWM, Kraków 1998, s. 84 Pruss Zdzisław, Weber Alicja, Kuczma Rajmund: Bydgoski leksykon muzyczny. Kujawsko-Pomorskie Towarzystwo Kulturalne. Bydgoszcz 2004, s.