Na nabożeństwo do zboru mogła chodzić tylko w niedzielę, a w tygodniu miała się modlić sama w domu.
W takim reżimie Zofia przebywała w Gdańsku zapewne do 1609 roku. W tym czasie musiała się chyba skarżyć bratu, który bezskutecznie wstawiał się za nią u jej męża, pisząc, że żyje "jakoby w więzieniu." Choć w 1609 roku Zofia powróciła na Litwę, to jednak wyjeżdżający na kolejną kampanię wojenną mąż, znów poddał ją ostremu reżimowi. Rezydowała wtedy w Oszmianie Murowanej, siedzibie litewskich dóbr Dorohostajskich.
Ostatnie lata Do prawdziwego pojednania między małżonkami doszło dopiero po powrocie Krzysztofa Dorohostajskiego z kampanii smoleńskiej i kuracji w Cieplicach w 1612 roku. Zofia odzyskała swobodę, zresztą blisko pięć lat ostrego reżimu dało jej sporo czasu do namysłu. W 1614 roku była znowu w ciąży i wybrała się do posiadłości Dorohostajskich na Wołyniu. Podróż i upalne lato jednak wyczerpały Zofię i po przedwczesnym urodzeniu syna Władysława zmarła dzień później w gorączce popołogowej. Została pochowana w podziemiach zboru kalwińskiego w Dorohostajach.