Arvida Wittemberga, jednak po kilkunastu dniach opuścił miasto i udał się w kierunku Warszawy, pozostawiając w stolicy regionu tylko 1500-osobowy garnizon. Początkowo nowe władze przestrzegały porozumienia, nawet powieszono kilku żołnierzy za przestępstwa dokonane w mieście, jednak po dość krótkim czasie okupacyjny garnizon rozpoczął wymuszanie dodatkowych kwater i kontrybucji. Stacjonujący w Poznaniu Szwedzi nie ograniczyli się jedynie do strzeżenia fortyfikacji. Miasto stało się ich bazą wypadową przeciw partyzantom, głównie z okolic Kościana, a od stycznia 1656 również przeciw wojskom pod dowództwem Stefana Czarnieckiego.
W kwietniu 1656 Szwedów zastąpił 2000 oddział Brandenburczyków dowodzony przez gen. Burcharda Müllera, którego głównym zadaniem było osłanianie działań wojsk pod dowództwem Fryderyka Wilhelma pod Warszawą. Szwedzi opuszczając Poznań spalili przedmieścia. Nowi okupanci zachowywali się podobnie do swych poprzedników. Podczas swojego pobytu garnizon ten również organizował wypady poza miasto, podczas których spalono m.in. Oborniki i Śrem.