W latach 2000, 2001, 2002 i 2004 dyrektor artystyczny Międzynarodowego Festiwalu Sztuki Mimu w Teatrze na Woli im. Tadeusza Łomnickiego w Warszawie, którego jest autorem i pomysłodawcą. Od 2005 roku Studio Mimów Stefana Niedziałkowskiego działa przy Mazowieckim Centrum Kultury i Sztuki.
W grudniu 2006 roku w ramach obchodów 50. rocznicy założenia przez Henryka Tomaszewskiego Wrocławskiego Teatru Pantomimy reżyserował z tym zespołem i grał tytułową rolę w spektaklu "Dusioł" na motywach misterium poetycko baletowego Grzegorza Walczaka przedstawionego na deskach Sceny Kameralnej Teatru Wielkiego w Warszawie. Za reżyserię i choreografię tego spektaklu Stefan Niedziałkowski został nominowany do Nagrody im. C.K. Norwida, przyznawanej przez Samorząd Województwa Mazowieckiego.
W roku 2007 był autorem i dyrektorem artystycznym "Międzynarodowych Prezentacji Sztuki Aktorskiej w Teatrze Ruchu Stefan Niedziałkowski" ('Art of Acting in Movement Theatre International Presentation Stefan Niedziałkowski'), podczas których odbyła się premiera spektaklu "Głębia" w wykonaniu Studia Mimów Stefana Niedziałkowskiego (scenariusz, choreografia i reżyseria - Stefan Niedziałkowski).