Po III rozbiorze Polski miasteczko zostało włączone do Królestwa Prus, a po Pokoju w Tylży w 1807 roku włączone je do Księstwa Warszawskiego. Według opisu statystycznego Księstwa Warszawskiego w 1808 r Pilwiszki były małym, biednym miastem, liczącym 350 mieszkańców. W 1815 roku wraz z klęską Napoleona miejscowość została włączona do Rosji i należała do powiatu augustowskiego. W 1827 r. liczba ludności miasta wzrosła do 888 osób. W czasach Królestwa Polskiego istniała wiejska gmina Pilwiszki.
W 1840 zbudowano w Pilwiszkach kościół luterański. W 1858 istniała państwowa szkoła podstawowa. W 1862 poprowadzono przez Pilwiszki kolej z Berlina do Petersburga, dzięki czemu miasto zaczęło się rozwijać: pojawiły się sklepy i odbywały się targi. Władze carskie odebrały prawa miejskie 31 maja 1870 w ramach represji po powstaniu styczniowym. W 1913 staraniem wikariusza, księdza Vladasa Pėstininkasa, w mieście zbudowano przytułek dla starców. W latach 1915–1918 miejscowość znajdowała się pod okupacją niemiecką. W latach 1918–1940 Pilwiszki wchodziły w skład Republiki Litewskiej.