Rewolucja francuska Conciergerie zdobyła złą sławę w czasie Wielkiej Rewolucji Francuskiej, kiedy zyskało potoczną nazwę przedpokoju gilotyny. Od 2 kwietnia 1793 r. do 31 maja 1795 r. Wielka Sala mieściła Trybunał Rewolucyjny, natomiast piętra budynku przeznaczono dla więźniów. Większość osadzonych przebywała w salach zbiorowych, lepsze warunki miały jedynie nieliczne osoby, które mogły kupić sobie pojedynczą celę oraz szczególnie ważni więźniowie, jak Maria Antonina, Danton czy Robespierre. Łącznie przez więzienie przewinęło się około 1200 osób.
XIX i XX wiek Conciergerie pozostała więzieniem jeszcze przez cały XIX i nadal w pierwszej kolejności przeznaczone było dla skazanych na karę śmierci lub długoletniego odosobnienia. Wśród znanych osadzonych z tego okresu są marszałek Michel Ney i późniejszy cesarz Napoleon III. W celi Marii Antoniny znajdowała się kaplica. Dopiero w 1914 r. obiekt zamieniono na muzeum; obecnie jego część jest dostępna dla zwiedzających. Reszta obiektu mieści Pałac Sprawiedliwości.