Praca wyprzedzała swoje czasy – zarzucano jej zbyt szerokie ujęcie geograficzne, ekonomiczne, społeczne i historyczne ujęcie, co z perspektywy czasu należy uznać raczej za jej zaletę.
Po objęciu katedry w 1876 prowadził trzyletni kurs geografii dla studentów Wydziału Filozoficznego, który obejmował: kosmografię, geografię matematyczną, meteorologię, geologie, fizjografię, geografię roślin i zwierząt, historię geografii i geografię Afryki (1 rok); etnografię, geografię handlową, geografię Austro-Węgier (2 rok), geografię regionalną pozostałych krajów Europy i świata (3 rok). Od 1890 na wykłady uczęszczali również studenci Studium Rolniczego UJ; od 1895 mieli oni już oddzielne wykłady. Od roku akademickiego 1902/1903 kurs geografii rozszerzono do 4 lat.
Na wykłady zapisanych było przeciętnie 50 studentów. Od 1879 w ramach Czytelni Akademickiej – organizacji samorządu studenckiego – istniało koło zainteresowań, przekształcone w 1881 w Koło Geografów Młodzieży UJ. Zawieszone, następnie reaktywowane w 1886 jako Koło Geografów Uczniów UJ, z Czernym jako kuratorem, jego cotygodniowe spotkania przekształcają się w ćwiczenia praktyczne. Starania Czernego o powołanie seminarium geograficznego, co byłoby usamodzielnieniem się geografii, skończyły się niepowodzeniem.