Po kolejnej przerwie, Freddie stanął na starcie jeszcze trzykrotnie w sezonie 1993. W ekipie Yamaha of France dojechał do mety w GP Włoch, w którym został sklasyfikowany na czternastej pozycji. Dwa punkty sklasyfikowały go na 37. miejscu. Po tym sezonie Amerykanin już więcej nie pojawił się w mistrzostwach świata.
Wyścigi Superbike'ów W 1990 roku Freddie powrócił do amerykańskich mistrzostw Superbike. W pierwszym sezonie zwyciężył w trzech wyścigach. Rok później rywalizację ukończył na 8. miejscu, w zespole Honda Racing for Two Brothers. W ciągu kolejnych czterech lat kilkakrotnie stanął na podium. Po raz ostatni zwyciężył na Laguna Seca w 1995 roku.
W sezonie 1995 zadebiutował w serii World Superbike, zastępując w satelickiej ekipie Ducati Włocha Mauro Lucchiari. Wystąpiwszy w kilku wyścigach, uzbierał dwadzieścia punktów, które zapewniły mu 24. pozycję w końcowej klasyfikacji.
Po roku 1996 Spencer ostatecznie zakończył karierę motocyklową.