Promotor eukariotyczny Promotory organizmów eukariotycznych są znacznie bardziej zróżnicowane. Należące do nich elementy regulacyjne mogą się znajdować nawet kilka tysięcy par zasad od miejsca startu transkrypcji. Zwykle w promotorach eukariotycznych można wyróżnić promotor minimalny (położony kilkadziesiąt par zasad od miejsca startu transkrypcji), promotor bliższy oraz promotor dalszy. Ponadto na transkrypcję mogą wpływać elementy położone poza promotorem, w dużej odległości od genu (enhancery i silencery). Ich wpływ jest niezależny od tego, czy położone są poniżej, czy powyżej sekwencji kodującej.
Minimalny promotor (ang. core promoter) organizmów eukariotycznych zawiera miejsce startu transkrypcji i miejsce wiązania kompleksu preinicjacyjnego, w którego skład wchodzą ogólne czynniki transkrypcyjne i polimeraza RNA. Zaczyna się od ok. −35 par zasad od miejsca startu transkrypcji.