Przyczyną pomyłki miał być identyczny, szary beret noszony przez obydwu mężczyzn.
Mimo przyjęcia oficjalnej wersji o zabójstwie Gaitána przez Roę Sierrę (podkreślano fakt, iż zabójca leczył się psychiatrycznie) pojawiły się teorie sugerujące, iż to nie on był winien śmierci polityka, a Gaitán padł ofiarą szerszego spisku. Wskazywany był fakt, że Roa Sierra, który kilka razy ubiegał się bez skutku o pracę w kancelarii prawniczej ofiary, nie umiał strzelać z pistoletu, nie byłby zatem w stanie oddać tak precyzyjnych strzałów. Udowodniony został fakt, że pistolet użyty przez mordercę został sprzedany dwa dni wcześniej, Roa Sierra nie zdołałby zatem nauczyć się strzelać. Wśród potencjalnych organizatorów zamachu wskazywano CIA, konkurencyjne wobec Gaitána skrzydło Kolumbijskiej Partii Liberalnej, komunistów oraz Fidela Castro. Z powodu podejrzeń o komunistyczną inspirację zamieszek Kolumbia zawiesiła stosunki dyplomatyczne z ZSRR. Zwolennicy teorii o spisku podkreślali zadziwiający zbieg zabójstwa z Konferencją Panamerykańską i obecnością delegacji USA w Kolumbii.