Dowódcy tych jednostek otrzymali m.in. polecenie likwidacji na terenach ZSRR wszystkich Żydów, Romów, funkcjonariuszy komunistycznych i azjatyckich „mniej wartościowych”[Universitatis Jagellonica Cracoviensis acta scientiarum litterarumque: Schedae historicae, Uniwersytet Jagielloński. 1987 str. 147]..
Utworzono cztery grupy operacyjne: Einsatzgruppe „A” – działała przy Grupie Armii „Północ” i na obszarze republik bałtyckich (liczyła około 990 ludzi) Dowódcy: SS-Brigadeführer und Generalmajor der Polizei Franz Stahlecker (1941-1942) SS-Brigadeführer und Generalmajor der Polizei Heinz Jost (1942) SS-Oberführer und Oberst der Polize Humbert Achamer-Pifrader (1942-1943) SS-Oberführer Friedrich Panzinger (1943-1944) SS-Oberführer und Oberst der Polizei dr Wilhelm Fuchs (1944) Einsatzgruppe „B” – działała przy Grupie Armii „Środek” i na terenie Białorusi (liczyła około 650 ludzi) Dowódcy: SS-Gruppenführer und Generalleutnant der Polizei Arthur Nebe (1941) SS-Brigadeführer und Generalmajor der Polizei Erich Naumann (1941-1943) SS-Oberführer Horst Böhme (1943) SS-Standartenführer Erich Ehrlinger