Niemcy zdecydowali o jego likwidacji, która trwała do przełomu listopada i grudnia tegoż roku.
W literaturze przedmiotu liczbę Żydów zamordowanych w Sobiborze szacuje się w przedziale od 130 tys. do 300 tys. osób. W publicznej świadomości utrwaliła się zwłaszcza liczba 250 tys. ofiar, którą przyjęto w czasie pierwszego powojennego śledztwa. Badania przeprowadzone przez Roberta Kuwałka, których wyniki opublikowano w 2014 roku, wskazują jednak, że liczba ofiar Sobiboru wyniosła w rzeczywistości około 170–180 tys. osób.
Geneza thumb|Obozy zagłady zlokalizowane w okupowanej Polsce thumb|SS-Brigadeführer Odilo Globocnik, kierownik Einsatz Reinhardt Prawdopodobnie jesienią 1941 roku na najwyższych szczeblach hitlerowskiego reżimu zaczęła krystalizować się koncepcja „ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej” poprzez fizyczną eksterminację. W szczególności niemiecka administracja w okupowanej Polsce oczekiwała pilnego usunięcia Żydów z Generalnego Gubernatorstwa, licząc, że rozwiązanych zostanie w ten sposób szereg problemów natury ekonomicznej i sanitarnej. Istnieją przesłanki wskazujące, że kluczową rolę w procesie decyzyjnym prowadzącym do Zagłady odgrywał dowódca SS i Policji na dystrykt lubelski, SS-Brigadeführer Odilo Globocnik.